前一節所介紹的計時方法只是一個直接有效的方法，但只能對一段程式碼進行計時。本節將介紹 MATLAB 的「程式計時器」（Profiler，簡稱計時器），它可以分別計算每一個指令所佔用的執行時間，並列出詳細的統計表。尤其當你的函式又呼叫了其他函式，在如此一層包一層的情況下，唯有使用 MATLAB 計時器才能有效地計算出每一個函式所花的時間，並進而進行改進，可能的改進方向是：
- 對於耗時較久的函式，可以改用較有效率的演算法。
- 盡量儲存目前運算結果，而不要一切重頭算起。
- 盡量改用內建的指令，可以大幅提高效率。
- 按下 Ctrl-Alt-Delete 以啟動工作管理員。
- 點選「處理程序」分頁。
- 以右鍵點選 MATLAB.exe，並選擇「設定親和性(A)...」。
- 只點選「CPU 0」，使 MATLAB.exe 只能在此核心上執行。
- 先使用下列指令找出 MATLAB 所對應的程序編號（Process ID, or PID）：
ps -C MATLAB - 假設 PID 是 8674，則我們可以使用下列指令來查詢 MATLAB 可以使用的核心：
taskset -pc 8674 - 最後，我們可以設定 MATLAB 只用一個核心：
taskset -pc 0 8674
MATLAB 計時器的指令是 profile，在其後可加上不同的選項，以代表不同功能。例如，若要對 for 迴圈及所用到的指令分別計時，可以參考下列範例：
執行完上述程式碼後，MATLAB 會將執行所花費時間的統計資料顯示出來，如下圖：
由上圖可得知，mean 指令共被呼叫了 1000 次 ，佔用的 Total Time 是 0.038 秒（包含在 mean 內部所有呼叫其他函式的時間），而 Self Time 只有 0.022 秒，此時間並不包含 mean 函式（在此為 M 檔案）內部呼叫其他函式所花的時間。此外，inv 和 rand 各被呼叫 1000 和 2000 次，因為這兩個指令都是都是內建指令，因此他們的 Total Time 會等於 Self Time，所花的時間都可以由上表一目瞭然。
若要知道 mean 函式的內部計時情況，可以點選上述視窗的 “mean” 連結，結果如下：
由上圖可以得到 mean 函式的內部計時結果，我們甚至可以看到最花時間的敘述出現在第 28 列，根據這些訊息，我們就可以使用「擒賊擒王」的原則來對此列進行最佳化，以求整體計算速度的提昇。在上圖列表，亦包含了所有內建指令的計時資料。此時若再點選任一個函式連結，就可以更清楚地看出每一個指令的 parent 指令（即呼叫此指令的上層指令）和 children 指令（即被此指令所呼叫的下層指令），以及他們各自所佔用的時間。
在上述範例中，MATLAB 計時器在預設的情況下，是對所有的函式進行計時，這些函式包含 M 檔案、MEX 檔案，以及內建指令。但通常內建指令已經是最佳化的狀態，通常不太可能去加速，我們可以改變計時器，只針對 M 檔案及 MEX 檔案進行計時，因為這兩種檔案才比較有改善的空間。欲使 profile 指令只對 M 檔案及 MEX 檔案進行計時，可在 profile on 之後接上「-detail mmex」，例如：
此時計時結果將只有包含 M 檔案及 MEX 檔案，如下圖：
由於我們只在意 M 檔案（這裡只有 mean 指令）和 MEX 檔案（在這裡並未出現）的執行時間，所以整個報表變得相當簡單。我們仍然可以點選上述視窗的 “mean” 連結，就可以看到此函式內部執行所花的時間。