以指令列為主的除錯函數可用於各種不同平台，其功能可列表如下：
| 語法 | 功能 |
|---|---|
| dbstop at line# in filename | 設定中斷點（Break Points） （line# 代表行號，filename 代表檔案名稱） |
| dbclear at line# in filename | 清除中斷點 （line#代表行號，filename 代表檔案名稱） |
| dbstop if warning | 若遇到下列情況，則暫停程式執行：
|
| dbstop if error | |
| dbstop if naninf | |
| dbstop if infnan | |
| dbcont | 從暫停狀態繼續執行 |
| dbstack | 列出函數呼叫過程中的堆疊 |
| dbstatus filename | 列出某檔案的所有中斷點 （filename 代表檔案名稱） |
| dbstep n | 執行 n 列指令 |
| dbtype filename | 列出檔案內容（包含每列編號） （filename 代表檔案名稱） |
| dbdown | 向下進入局部的工作空間 |
| dbup | 向上進入呼叫端的工作空間 |
| dbquit | 離開除錯模式 |
在上述的除錯指令中，最重要的指令就是 dbstop，我們可以利用這個指令來指定程式碼的中斷點（Break Points），使得 MATLAB 可在中斷點前停止執行，以讓我們能檢查各個局部變數的值。dbstop 的一般格式及相關說明可列表如下：
| 指令格式 | 說明 |
|---|---|
| dbstop in filename at line# | 停止執行於某檔案的某行 （filename 代表檔案名稱，line#代表行號） |
| dbstop in filename at subfunction | 停止執行於某檔案的次函數 （filename 代表檔案名稱） |
| dbstop in filename | 停止執行於某檔案 （filename 代表檔案名稱） |
| dbstop if error | 若出現錯誤，則暫停程式執行，並停留在發生錯誤的工作空間 |
| dbstop if warning | 若出現警告，則暫停程式執行，並停留在發生警告的工作空間 |
| dbstop if naninf | 若出現 nan 或 inf，則暫停程式執行，並停留在發生 nan 或 inf的工作空間 |
| dbstop if infnan | （同上） |
在上表中，in、at 和 if 都可以省略，所以「dbstop in testfunc at 15」可以簡寫成「dbstop testfunc 15」。
一旦程式停止執行後，MATLAB 就進入所謂的 「除錯模式」（Debugging Mode），指令列上會出現“k>>”的提示號，代表此時可以接受鍵盤輸入。如果您使用的平台是 PC 或 MAC，同時也會出現 M 檔案除錯器（M-file Debugger），可直接檢視程式出錯的部分。有關於 M 檔案除錯器的細節，將會在下一節詳細介紹，本節則以介紹指令列的除錯指令為主。
進入除錯模式後，我們可檢查任何變數的值，也可以執行其他任何指令或手稿（Scripts）。檢查完畢後，可能採取的動作可列舉如下：
| 指令格式 | 說明 |
|---|---|
| dbcont | 繼續執行程式 |
| dbstep n | 執行 n 列程式碼 |
| dbtype filename | 列出程式碼 （filename 代表程式檔案名稱） |
| dbdown | 向下切換至另一個工作空間 |
| dbup | 向上切換至另一個工作空間 |
| dbstack | 列出函數呼叫過程中的堆疊 |
| dbquit | 跳出除錯模式 |
在上表中，最常用到的指令是 dbstep，可以讓我們一次執行一列或多列程式碼，或是進入或跳出一個指令的內部程式碼，其格式可列舉如下：
| 指令格式 | 說明 |
|---|---|
| dbstep | 執行下一列程式碼 |
| dbstep n | 執行下 n 列程式碼 |
| dbstep in | 進入下一列指令的程式碼 |
| dbstep out | 跳出目前指令的程式碼 |
其他各除錯指令的格式較固定，欲取得更多資訊，可由 MATLAB 線上支援取得。
另外，dbclear 及 dbstatus 可用於一般模式及除錯模式。dbclear 用於取消中斷點，和 dbstop 的功能恰好相反，dbclear 的使用格式可參見本節的第一個表格（即 dbstop 的使用格式），只需將所有的 dbstop 改為 dbclear 即可。
此外，若要清除所有的中斷點，可用 dbclear all。
dbstatus 可列出所有的中斷點，其格式如下：
| 指令格式 | 說明 |
|---|---|
| dbstatus | 列出所有中斷點 |
| dbstatus filename | 列出在一檔案中的中斷點 （filename 代表程式檔案名稱） |
| s = dbstatus(…) | 將中斷點的資訊傳回變數 s |
以下將以實例來說明這些除錯指令的運用。
假設我們要計算一向量的倒數和，可使用名稱為 recipsum.m 的函數，如下：
此函數包含一錯誤，執行時即會出現：
此錯誤訊息是由次函數 reciproc 所產生。為了偵錯方便，當錯誤訊息發生時，我們可以讓 MATLAB 仍然能夠停留在產生錯誤訊息的函數，所使用的指令如下：
可用 dbstop 來確認所建立的中斷條件：
此時可再呼叫原函數：
MATLAB 這次會停在錯誤發生的程式碼，並將之顥示於 MATLAB 除錯器（也是 MATLAB 編輯器），如下：
此時我們可在指令視窗使用 dbstack 來顯示 MATLAB 所在的函數：
亦可用 dbtype 來顯示程式碼：
很明顯地，在 reciproc 次函數中的變數 x 並未定義，因此我們可在除錯器中直接將 x 改成 input ，並儲存此檔案於 recipsum1.m，就完成了除錯的工作。此時再進行函數呼叫，就可得到正確答案：
上例的錯誤是相當顯而易見，但如果遇到較複雜錯誤，就必需在程式碼停止後，在指令列逐一檢查可能出問題的變數，直到找出問題所在之後，再進行程式碼的修改：
- 直接使用 MATLAB 除錯器（也是編輯器）進行編修。
- 使用 dbquit 跳離除錯模式，再利用其他文字編輯軟體進行程式修改。
此外，當程式暫停執行於一個函數時，我們也可以使用 dbup 及 dbdown 來跳到不同的工作空間，以便檢視各變數。
假設在 recipsum.m 的錯誤已修正完畢，修正後的檔案是 recipsum1.m，我們還是可能遇到其他問題，例如：
此時傳回答案為 Inf（無窮大），這並不是我們預期的答案（假設我們並沒有預期到使用者會輸入含有 0 的向量）。為探查錯誤所在，我們設立另一個中斷條件，並再次呼叫函數：
很明顯地，在計算 0 的倒數時，出現了 Inf。我們假設在輸入為 0 時，其倒數不計，則程式碼可修正如下：
此時再呼叫函數，就可以產生我們預期的結果：
MATLAB程式設計：入門篇
