若要一次執行大量的 MATLAB 指令，可將這些指令存放於一個副檔名為 m 的檔案，並在 MATLAB 指令提示號下鍵入此檔案的主檔名即可。此種包含 MATLAB 指令的檔案都以 m 為副檔名，因此通稱 M 檔案（M-files）。例如一個名為 myTest.m 的 M 檔案，包含一連串的 MATLAB 指令，那麼只要直接鍵入 myTest，即可執行其所包含的指令：
>> pwd % 顯示目前的工作目錄（pwd = present working directory）
ans =
C:\Users\RogerJang\Documents\MATLAB
接著我們要用 cd 指令來進入我們的範例檔案 myTest.m 所在的目錄：
>> cd d:\matlabBook\MATLAB程式設計：入門篇\02-初探MATLAB
（如果此目錄路徑包含空格，我們就必須使用英文的單引號來包夾此目錄路徑。）
接著我們可以顯示 myTest.m 的內容，如下：
>> type myTest.m % 顯示 myTest.m 的內容
% myTest: my first test M-file.
% Roger Jang, March 3, 1997
fprintf('Start of myTest.m!\n');
for i = 1:3
fprintf('i = %d ---> i^3 = %d\n', i, i^3);
end
fprintf('End of myTest.m!\n');
接著我們就可以執行 myTest.m：
>> myTest % 執行 myTest.m
Start of myTest.m!
i = 1 ---> i^3 = 1
i = 2 ---> i^3 = 8
i = 3 ---> i^3 = 27
End of myTest.m!
>> type fact01.m
function output = fact01(n)
% FACT01 Calculate factorial of a given positive integer (for-loop version)
output = 1;
for i = 1:n,
output = output*i;
end
其中 fact01 是函數名稱，n 是輸入引數，output 是輸出引數，而 i 則是此函數用到的暫時變數。要使用此函數，直接鍵入函數名稱及適當輸入引數值即可：
>> type fact02.m
function output = fact02(n)
% FACT02 Calculate factorial of a given positive integer (recursive version)
if n == 1, % Terminating condition
output = 1;
return;
end
output = n*fact02(n-1);
值得注意的是，在寫一個遞迴函數時，一定要包含結束條件（Terminating Condition），否則此函數將會一再呼叫自己，進入無窮迴圈，永遠不會停止，直到電腦的記憶體被耗盡為止。以上例而言，n==1 即滿足結束條件，此時我們直接將 output 設為 1，而不再呼叫此函數本身。（請注意，在呼叫此函數時，如果 n 不是整數，一樣會進入反覆呼叫自己的無窮迴圈中。）
