MATLAB 提供重複迴圈（Loops）及條件判斷（Conditions）等程式流程控制（Flow Control）的指令，最簡單的程式重複執行指令是 for 迴圈（For-loop），其基本使用語法為：
For 變數 = 向量
運算式;
end
其中變數的值會被依次設定為向量的每一個元素值，來重複執行介於 for 和 end 之間的運算式。因此，若無意外情況，運算式執行的次數會等於向量的長度。舉例來說，下列指令會產生一個長度為 6 的調和數列（Harmonic Sequence）：
>> x = zeros(1,6); % 預先配置矩陣 x 為一個維度 1×6 的零矩陣
>> for i = 1:6
>> x(i) = 1/i;
>> end
>> disp(x) % 顯示矩陣 x 的內容
1.0000 0.5000 0.3333 0.2500 0.2000 0.1667
在上例中，矩陣 x 最初是一個 1×6 大小的零矩陣，在 for 迴圈中，變數 i 的值依次是 1 到 6（即矩陣 1:6 或 [1 2 3 4 5 6 ] 中的每一個元素），因此矩陣 x 的第 i 個元素的值依次被設為 1/i 。
另一個常用到的程式重複執行指令是 while 迴圈（While-loop），其基本使用語法為：
while 條件式
運算式;
end
也就是說，只要條件式成立，運算式就會一再被重複執行。例如先前用 for 迴圈產生的調和數列的作法，我們可用 while 迴圈改寫如下：
>> x = zeros(1,6); % x 是一個 1×6 的零矩陣
>> i = 1;
>> while i <= 6
>> x(i) = 1/i;
>> i = i + 1;
>> end
>> disp(x) % 顯示矩陣 x 的內容
1.0000 0.5000 0.3333 0.2500 0.2000 0.1667
MATLAB 也提供依條件判斷來控制程式流程的指令，最常見為 if – else – end 的指令組合，其基本使用形式為：
if 條件式
運算式;
else
運算式;
end
範例如下：
>> if rand(1,1) > 0.5
>> disp('Given random number is greater than 0.5.');
>> else
>> disp('Given random number is smaller than 0.5.');
>> end
Given random number is less than 0.5.
