八國聯軍的庚子賠款,美國退還我國的部分,是當時的一千多萬美元, 從那時起即存放於美國,這筆錢隨著國民政府遷台一起到了台灣,其作 為發展教育費用的宗旨不變,因此設置了清華大學,而這筆錢從那時候 至今一直是清大發展的經費。清大主任秘書林永隆表示,
庚子賠款現存於美國銀行,每年固定撥大約新台幣一千萬元 的利息給清大,隸屬清華基金。這筆錢最終的目的在幫助清 大發展,所以數十年來,清大憑藉這筆錢創校、成立各學院 ,現在則是用於研究儀器的購買、學生出國補助等。
但是每年還是與校內其他經費一樣,必須在擬定經費項目後,經教育部 核准才能使用,運用的結果也必須再呈報教育部。